Link est cette fois-ci un jeune berger sans histoire (les fans de Link ici seront sûrement consternées de voir comment chez Nintendo ils ont rabaissé ce beau gosse à un vulgaire rôle de fermier, lol), jusqu'au jour où le maire de la ville lui demande d'assister au Conseil d'Hyrule.
Car les forces du mal opèrent dans l'ombre, attendant de s'emparer du royaume.
Link va devoir alors partir pour affronter son destin de super héros.
Le personnage de Link s'appuie sur une ancienne légende japonaise qui dit que lorsque l'on meurt, on se réincarne en l'un de ses descendants. Link est le Héros du Temps, un esprit unique qui revient incarné dans un jeune garçon à chaque fois que le monde est en danger Le personnage de Link n'est donc peut être pas toujours le même personnage, mais des choses restent immuables : son équipement de base est toujours constitué d'une tunique et d'un bonnet verts, d'une paire de bottes, d'une épée et d'un bouclier.
Par la suite, Link acquiert au cours du jeu un arsenal conséquent et hétéroclite : grappin, boomerang, bombes, arc avec plusieurs types de flèches, ocarina, masques, différentes tuniques, différentes bottes, masse, épées plus puissantes (dont Excalibur, l'épée de légende, aussi connue sous son nom anglais, Master Sword) etc.
Le but récurrent de la plupart des jeux de la série est pour Link de combattre les forces de Ganon, sauver la Princesse Zelda et le Royaume d'Hyrule par la même occasion. Pour cela, il peut compter sur l'aide de plusieurs personnages (le plus souvent des Sages) qui peuvent lui confier leurs pouvoirs et aussi sur le pouvoir de la Triforce du Courage qu'il possède.